1963年、アルカトラズ刑務所からこつ然と姿を消した302名の囚人が、当時と変わらない姿で現代に現れて再び犯罪を繰り返す。なぜ彼らは突然姿を消し、再び現れたのか。さらに、彼らが歳を取っていないのはなぜなのか――。 その謎を追うのが、1963年当時、サンフランシスコ市警の若い警官として、全囚人と看守が消えた直後のアルカトラズ島を発見したエマーソン･ハウザーだ。現在、彼はFBIエージェントを名乗るも、職員リストにハウザーの名は見当たらず、何者なのかハッキリしないどころか、人を簡単に信用したり、心を開いたりもしないため、何かを知っていそうでも周囲に語ることはなく、ハウザーの手の内はなかなか明らかになってこない。つまり、アルカトラズだけでなく、ハウザー自身も謎だらけなのだ。 そんな彼の部下となってアルカトラズの謎を追うのが、サンフランシスコ市警の女性刑事レベッカ･マドセンである。彼女は、ある殺害現場に残されていた指紋がアルカトラズに収容されていた囚人のものだったことから、囚人失踪の謎に関わり始めたのだが、実は、両親の死後、親代わりとして育ててくれたレイ･アーチャーはアルカトラズの元看守で、さらに彼だけでなく、レベッカの祖父トミー･マドセンも元看守と、彼女がアルカトラズの謎を追うことになったのは本当に偶然だったのか……そのような状況下、彼女は祖父の本当の姿を知り、驚愕することとなる。 そして、レベッカを常にサポートし、支えているのが、アルカトラズ研究の第一人者、ドクター･ディエゴ･ソトだ。レベッカによって謎の解明に巻き込まれただけに、死体を見て気持ち悪くなったり、感情が乱れたりと、素人ゆえの反応を示すが、囚人に関する知識はズバ抜けており、また、過去の自分が事件に巻き込まれた経験が捜査解決に役立つどころか、被害者の心の傷を癒したりと、チームにおけるその存在は日に日に大きくなっていく。このメインキャラクター3人以外にも、1960年代当時にアルカトラズ刑務所の所長を務めていたエドウィン･ジェームズと副所長のE･B･ティラーも、謎を増幅させる存在として物語に頻繁に登場する。脇役だが注目しておきたい2人だ。

今作の基本スタイルは、1話ごとに現れる1人の囚人を、ディエゴの知識を生かして逮捕するという、書いてしまえばシンプルなものである。だがそこに、なぜ過去の人間が当時のままの年齢で姿を現したのかという謎が加わることで、単純な犯人逮捕ドラマとは違う壮大なミステリーに仕上がっている。そして、そのミステリー要素を盛り上げているのが、囚人の存在。というのも、脇役であるのに、囚人の逮捕前と逮捕後をフラッシュバックで丁寧に描くことで、凶悪犯を単なる悪ではなく、1人の人間としてきちんと個性を持たせているから。つまり、彼らはそこまでする必要がある、重要なキーパーソンということだ。エピソードを重ねるごとに蘇った囚人は増えてくるだけに、個性という伏線が楽しみの1つと言えよう。また、囚人を逮捕すると、それが何を意味するのか分からなくても、何かしらの情報が得られる。それ単体ではパズルの破片に過ぎずとも、回を重ねるごとにぼんやりと全体像が見えてくる。まさに、エイブラムスの代表作「LOST」をほうふつとさせる、謎が謎を呼ぶ、謎だらけの物語なのである。もちろん、見始めたら止まらない点も同じだ。